Na Idade Moderna, com a chamada revolução científica do século XVII, teve início a separação e a distinção entre a Filosofia e a Ciência, com o consequente desdobramento da última, nos séculos posteriores, em Ciências Exactas, Naturais e Humanas ou Sociais, ou melhor, em diferentes maneiras de realização do ideal de cientificidade. É comum dizer-se que a Ciência, como um modo de conhecer o real, distinto daquele da Filosofia, só teve o seu advento no século XVII, com os trabalhos de Galileu e Descartes, visando estabelecer método, conceitos e objectos de estudo, a partir da experimentação e do modelo da linguagem matemática. Observa-se, assim, primordialmente, a matematização da Natureza e, neste caso, a concepção de Ciência de Galileu é exemplar, porque, para ele, "o grande livro da Natureza está escrito em caracteres matemáticos", estando ausente dessa concepção de ciência toda a referência ao subjectivo e ao qualitativo (tal como concebido por Aristóteles). Para Galileu, fazer Ciência corresponde a analisar os corpos da Natureza através de suas características quantitativas e objectivas, ou seja, de sua forma, espaço, tempo, movimento, extensão e não de suas cores, sabores e odores, tendo em vista um saber verdadeiro, identificado ao saber matemático, cujas verdades são necessárias, universais, rigorosas, precisas e objectivas. Desde então, falar em Ciência significa perseguir um ideal de objectividade e de cientificidade, nos moldes da Matemática e não da Filosofia, voltada para o sujeito do conhecimento. Ciência significa, portanto, objectividade do conhecimento.
Tendo por objecto de estudo a Natureza, as Ciências Naturais (Física, Química, Biologia, Geografia) se separam da Filosofia a partir do século XVII, tomando como modelo o ideal de cientificidade calcado na Matemática e validado pela experimentação. Como essas Ciências são capazes de estudar a Natureza de modo preciso, rigoroso e, de certo modo, acabado, só restará à Filosofia dedicar-se ao estudo do Homem. No entanto, no século XIX e no início do século XX, surgem as Ciências Humanas ou Sociais (Sociologia, História, Antropologia, Psicologia, Linguística, etc.), que reivindicam para si a propriedade de estudar esse objecto em conformidade com o modelo das Ciências Naturais. O aparecimento das Ciências Humanas termina por separar e distinguir a Filosofia da Ciência. Não há, então, mais algum modo de relacionar a Filosofia e a Ciência? Não tem mais a Filosofia nenhum papel na compreensão da Natureza e do Homem? É preciso, assim, retomar a relação entre Filosofia e Ciência como formas distintas de colocar problemas.
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